In the table below you can see the example P0DTC9 — Name: SARS-CoV-2 Nucleoprotein — UniProtKB: NCAP_SARS2
. The table
contains sequence position, prediction scores and classification based on the default cut-off of 0.5 (above is predicted interaction).
Qingzhen Hou1, Reza Haydarlou, Bas Stringer, Katharina Waury, Henriette Capel, Sanne Abeln, Jaap Heringa, K. Anton Feenstra
SeRenDIP-CE: Sequence-based Interface Prediction for Conformational Epitopes
Bioinformatics advance 11 May 2021, doi: 10.1093/bioinformatics/btab3211Department of Biostatistics, School of Public Health &
National institute of health data science of China; Shandong 250002, P. R. China
Qingzhen Hou1, Paul De Geest, Christian Griffioen, Sanne Abeln,
Jaap Heringa, K. Anton Feenstra.
SeRenDIP: remastered alignment profiles for fast
and accurate predictions of PPI interface positions.Bioinformatics 35, pp 4794–4796, 2019, doi: 10.1093/bioinformatics/btz428 13BIO-BioInfo – BioModeling, BioInformatics & BioProcesses, Université Libre de Bruxelles
Qingzhen Hou, Paul De Geest, Wim F. Vranken, Jaap Heringa and K. Anton Feenstra Seeing the Trees through the Forest:
Sequence-based Homo- and Heteromeric
Protein-protein Interaction sites prediction using
Random Forest. Bioinformatics, 2017, doi: 10.1093/bioinformatics/btx005
Color better than threshold:
Sequence
Combined Prediction
Pos
AA
Model
Pred
x of 411 rows match filter(s)
5
G
0.592
I
6
P
0.618
I
7
Q
0.576
I
8
N
0.584
I
9
Q
0.598
I
10
R
0.582
I
11
N
0.574
I
12
A
0.518
I
13
P
0.548
I
14
R
0.560
I
15
I
0.558
I
16
T
0.560
I
17
F
0.548
I
18
G
0.592
I
19
G
0.558
I
20
P
0.616
I
21
S
0.604
I
22
D
0.644
I
23
S
0.640
I
24
T
0.578
I
25
G
0.608
I
26
S
0.532
I
27
N
0.560
I
28
Q
0.530
I
29
N
0.568
I
30
G
0.592
I
31
E
0.496
NI
32
R
0.578
I
33
S
0.516
I
34
G
0.600
I
35
A
0.580
I
36
R
0.580
I
37
S
0.588
I
38
K
0.564
I
39
Q
0.634
I
40
R
0.608
I
41
R
0.588
I
42
P
0.580
I
43
Q
0.580
I
44
G
0.578
I
45
L
0.578
I
46
P
0.568
I
47
N
0.578
I
48
N
0.552
I
49
T
0.516
I
50
A
0.566
I
51
S
0.610
I
52
W
0.630
I
53
F
0.700
I
54
T
0.738
I
55
A
0.650
I
56
L
0.530
I
57
T
0.538
I
58
Q
0.566
I
59
H
0.498
NI
60
G
0.516
I
61
K
0.488
NI
62
E
0.562
I
63
D
0.570
I
64
L
0.552
I
65
K
0.510
I
66
F
0.538
I
67
P
0.558
I
68
R
0.560
I
69
G
0.532
I
70
Q
0.566
I
71
G
0.582
I
72
V
0.558
I
73
P
0.560
I
74
I
0.536
I
75
N
0.580
I
76
T
0.462
NI
77
N
0.522
I
78
S
0.538
I
79
S
0.558
I
80
P
0.534
I
81
D
0.524
I
82
D
0.562
I
83
Q
0.538
I
84
I
0.560
I
85
G
0.538
I
86
Y
0.540
I
87
Y
0.504
I
88
R
0.542
I
89
R
0.510
I
90
A
0.506
I
91
T
0.516
I
92
R
0.482
NI
93
R
0.524
I
94
I
0.494
NI
95
R
0.532
I
96
G
0.490
NI
97
G
0.480
NI
98
D
0.458
NI
99
G
0.448
NI
100
K
0.496
NI
101
M
0.476
NI
102
K
0.452
NI
103
D
0.520
I
104
L
0.460
NI
105
S
0.444
NI
106
P
0.466
NI
107
R
0.396
NI
108
W
0.370
NI
109
Y
0.386
NI
110
F
0.204
NI
111
Y
0.310
NI
112
Y
0.344
NI
113
L
0.404
NI
114
G
0.390
NI
115
T
0.508
I
116
G
0.534
I
117
P
0.658
I
118
E
0.548
I
119
A
0.584
I
120
G
0.450
NI
121
L
0.452
NI
122
P
0.418
NI
123
Y
0.400
NI
124
G
0.380
NI
125
A
0.378
NI
126
N
0.356
NI
127
K
0.426
NI
128
D
0.330
NI
129
G
0.324
NI
130
I
0.296
NI
131
I
0.294
NI
132
W
0.334
NI
133
V
0.270
NI
134
A
0.412
NI
135
T
0.460
NI
136
E
0.480
NI
137
G
0.502
I
138
A
0.492
NI
139
L
0.486
NI
140
N
0.442
NI
141
T
0.470
NI
142
P
0.548
I
143
K
0.460
NI
144
D
0.578
I
145
H
0.588
I
146
I
0.576
I
147
G
0.544
I
148
T
0.544
I
149
R
0.516
I
150
N
0.504
I
151
P
0.458
NI
152
A
0.408
NI
153
N
0.452
NI
154
N
0.426
NI
155
A
0.498
NI
156
A
0.486
NI
157
I
0.486
NI
158
V
0.498
NI
159
L
0.536
I
160
Q
0.524
I
161
L
0.478
NI
162
P
0.468
NI
163
Q
0.480
NI
164
G
0.414
NI
165
T
0.508
I
166
T
0.504
I
167
L
0.472
NI
168
P
0.478
NI
169
K
0.548
I
170
G
0.516
I
171
F
0.540
I
172
Y
0.534
I
173
A
0.566
I
174
E
0.594
I
175
G
0.496
NI
176
S
0.556
I
177
R
0.560
I
178
G
0.564
I
179
G
0.608
I
180
S
0.664
I
181
Q
0.624
I
182
A
0.600
I
183
S
0.580
I
184
S
0.576
I
185
R
0.602
I
186
S
0.662
I
187
S
0.612
I
188
S
0.632
I
189
R
0.632
I
190
S
0.630
I
191
R
0.586
I
192
N
0.574
I
193
S
0.598
I
194
S
0.642
I
195
R
0.636
I
196
N
0.552
I
197
S
0.626
I
198
T
0.660
I
199
P
0.620
I
200
G
0.628
I
201
S
0.620
I
202
S
0.624
I
203
R
0.604
I
204
G
0.568
I
205
T
0.564
I
206
S
0.568
I
207
P
0.578
I
208
A
0.572
I
209
R
0.538
I
210
M
0.576
I
211
A
0.552
I
212
G
0.580
I
213
N
0.502
I
214
G
0.528
I
215
G
0.526
I
216
D
0.504
I
217
A
0.478
NI
218
A
0.544
I
219
L
0.528
I
220
A
0.534
I
221
L
0.494
NI
222
L
0.512
I
223
L
0.552
I
224
L
0.488
NI
225
D
0.530
I
226
R
0.540
I
227
L
0.548
I
228
N
0.484
NI
229
Q
0.474
NI
230
L
0.542
I
231
E
0.514
I
232
S
0.460
NI
233
K
0.488
NI
234
M
0.556
I
235
S
0.494
NI
236
G
0.458
NI
237
K
0.488
NI
238
G
0.466
NI
239
Q
0.498
NI
240
Q
0.514
I
241
Q
0.588
I
242
Q
0.576
I
243
G
0.578
I
244
Q
0.534
I
245
T
0.554
I
246
V
0.550
I
247
T
0.540
I
248
K
0.468
NI
249
K
0.488
NI
250
S
0.440
NI
251
A
0.382
NI
252
A
0.328
NI
253
E
0.386
NI
254
A
0.460
NI
255
S
0.402
NI
256
K
0.432
NI
257
K
0.458
NI
258
P
0.514
I
259
R
0.524
I
260
Q
0.542
I
261
K
0.560
I
262
R
0.566
I
263
T
0.524
I
264
A
0.470
NI
265
T
0.450
NI
266
K
0.450
NI
267
A
0.436
NI
268
Y
0.462
NI
269
N
0.482
NI
270
V
0.494
NI
271
T
0.534
I
272
Q
0.584
I
273
A
0.544
I
274
F
0.624
I
275
G
0.508
I
276
R
0.554
I
277
R
0.518
I
278
G
0.526
I
279
P
0.498
NI
280
E
0.456
NI
281
Q
0.444
NI
282
T
0.514
I
283
Q
0.504
I
284
G
0.540
I
285
N
0.544
I
286
F
0.562
I
287
G
0.572
I
288
D
0.508
I
289
Q
0.478
NI
290
E
0.442
NI
291
L
0.490
NI
292
I
0.464
NI
293
R
0.426
NI
294
Q
0.468
NI
295
G
0.504
I
296
T
0.494
NI
297
D
0.428
NI
298
Y
0.468
NI
299
K
0.522
I
300
H
0.564
I
301
W
0.514
I
302
P
0.596
I
303
Q
0.570
I
304
I
0.578
I
305
A
0.580
I
306
Q
0.690
I
307
F
0.658
I
308
A
0.666
I
309
P
0.686
I
310
S
0.672
I
311
A
0.708
I
312
S
0.652
I
313
A
0.622
I
314
F
0.630
I
315
F
0.594
I
316
G
0.620
I
317
M
0.600
I
318
S
0.558
I
319
R
0.580
I
320
I
0.546
I
321
G
0.552
I
322
M
0.534
I
323
E
0.486
NI
324
V
0.452
NI
325
T
0.404
NI
326
P
0.352
NI
327
S
0.394
NI
328
G
0.404
NI
329
T
0.374
NI
330
W
0.410
NI
331
L
0.410
NI
332
T
0.478
NI
333
Y
0.500
NI
334
T
0.538
I
335
G
0.464
NI
336
A
0.558
I
337
I
0.468
NI
338
K
0.432
NI
339
L
0.442
NI
340
D
0.420
NI
341
D
0.360
NI
342
K
0.366
NI
343
D
0.386
NI
344
P
0.404
NI
345
N
0.412
NI
346
F
0.358
NI
347
K
0.402
NI
348
D
0.414
NI
349
Q
0.378
NI
350
V
0.464
NI
351
I
0.378
NI
352
L
0.444
NI
353
L
0.330
NI
354
N
0.506
I
355
K
0.488
NI
356
H
0.546
I
357
I
0.484
NI
358
D
0.582
I
359
A
0.564
I
360
Y
0.552
I
361
K
0.560
I
362
T
0.514
I
363
F
0.506
I
364
P
0.518
I
365
P
0.504
I
366
T
0.470
NI
367
E
0.496
NI
368
P
0.522
I
369
K
0.508
I
370
K
0.454
NI
371
D
0.480
NI
372
K
0.438
NI
373
K
0.414
NI
374
K
0.432
NI
375
K
0.406
NI
376
A
0.440
NI
377
D
0.386
NI
378
E
0.432
NI
379
T
0.470
NI
380
Q
0.486
NI
381
A
0.482
NI
382
L
0.534
I
383
P
0.442
NI
384
Q
0.514
I
385
R
0.502
I
386
Q
0.494
NI
387
K
0.476
NI
388
K
0.496
NI
389
Q
0.480
NI
390
Q
0.558
I
391
T
0.578
I
392
V
0.570
I
393
T
0.586
I
394
L
0.544
I
395
L
0.588
I
396
P
0.562
I
397
A
0.522
I
398
A
0.534
I
399
D
0.534
I
400
L
0.532
I
401
D
0.414
NI
402
D
0.448
NI
403
F
0.542
I
404
S
0.486
NI
405
K
0.330
NI
406
Q
0.434
NI
407
L
0.446
NI
408
Q
0.470
NI
409
Q
0.434
NI
410
S
0.526
I
411
M
0.586
I
412
S
0.516
I
413
S
0.528
I
414
A
0.556
I
415
D
0.584
I
(c) IBIVU 2024. If you are experiencing problems with the
site, please contact the webmaster.